Sejarah berdirinya perpustakaan Universitas Mulawarman bersamaan dengan usia keberadaan Universitas Mulawarman yakni pada tanggal 27 September 1962, Berawal terletak di jalan Sungai Barito dengan bangunan sangat sederhana, kemudian melalui bantuan pemerintah Provinsi Kalimatan Timur, Kampus termasuk Perpustakannya pindah ke Jalan Pulau Flores Samarinda.

Pada saat itu perpustakaan dikelola pertama kali oleh Bapak Zulkifli Junus, BA. Sekalipun dengan kemampuan terbatas baik dari sarana, prasarana dan anggaran, namun semangat tetap tumbuh kuat dalam diri para pengelolanya secara bergantian dipimpin oleh bapak Drs.Hadaitullah dan dilanjutkan oleh Usman Sudarno,BA

Dari hasil kerjasama dengan berbagai pihak termasuk pemerintah Provinsi Kaltim, Pemerintah Kota Samarinda, serta dengan Perpustakaan Perguruaan Tinggi Swasta lainya yang berada di Samarinda dan sekitarnya. Setelah menginjak tahun 1973 melalui Ibu Dra.Sumiastuti Junus sebagai Kepala Perpustakaan pada waktu itu telah mendapat perhatian dari pihak yayasan Asia memberikan Bantuan berupa koleksi buku dan biaya peningkatan kualitas pegawai melalui upgrading dan penataran tenaga pengelola perpustakaan dan lain-lain.

Selanjutnya sejak tahun 1983 kepala perpustakaan di jabat oleh Ibu Dra.Hj.Rafidhah Ilham pada periode kepimpinan beliau secara perlahan telah banyak memberikan kemajuan bagi perpustakaan. Seiring dengan perlajanan dan kondisi fisik bangunan kampus Universitas Mulawarman di jalan flores sudah tidak memungkinkan lagi untuk dilakukan pembangunan jangka panjang maka kampus berserta perpustakaan pindah ke kampus baru dikawasan gunung kelua Samarinda Ulu.

Pada waktu itu bangunan perpustakaan terletak di depan kampus fakultas MIPA Unmul seluas ± 525 M2. Dengan pesat nya perkembangan koleksi dan minat baca mahasiswa perpustakaan terasa sempit, oleh karenanya perpustakaan mendapat gedung baru yang dibangun melalui dana APBN dengan luas ± 5000 M2 terdiri dari tiga lantai berserta dengan seluruh kelengkapannya berada di jalan Kuoaro Kampus gunung kelua yang telah diresmikan penggunaanya oleh Gubernur Provinsi Kalimantan Timur pada tanggal 26 September 1992 sampai saat ini.

Dalam perjalanan sejarah setelah Ibu Dra.Hj. Rafidah Ilham telah purna tugas, Tampuk pimpinan Perpustakaan secara bergantian dijabat oleh Bapak. Drs.H.Syahriansyah, Drs.M.Bakri A.N, Subiantoro, SE dan selanjutnya Ibu Dra.Hj.Nana Heriana.M.Si.

Guna mempercepat kemajuan dan perkembangan UPT.Perpustakaan sesuai dengan tujuan, visi dan misinya, Maka melalui kebijakan rektor Universitas Mulawarman dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsinya Kepala perpustakaan di damping oleh pejabat Direktur Eksekutif selaku pucuk pimpinan perpustakan.

Jabatan Direktur Eksekutif Perpustakaan Universitas Mulawarman secara bergantian pernah dijabat oleh Prof.Dr.Ir.H. Afief Rochaemi, M.Agr, Kemudian dilanjutkan oleh Prof.Dr.Hj.Zaenab Hanim,M.Pd dan Selanjutnya dijabat oleh Dr.Unis Wahyuni Sagena,M.Si Sampai Tanggal 3 Juni 2016.

Seiring dengan perubahan Kebijakan Rektorat Unmul pengahapusan jabatan Direktur pada UPT. Perpustakaan. Pada tanggal 3 Juni 2016 berlangsung pelantikan Kepala- kepala UPT. dilingkungan Universitas Mulawarman. Bapak Supadi, S.Sos, M.Si dilantik sebagai Kepala UPT. Perpustakaan Universitas Mulawarman. Seiring dengan perkembangan Dunia Perpustakaan menuntut Kepala UPT. Perpustakaan menyesuikan perkembangan yang ada, pelayanan Manual beralih pelayanan Otomasi. Perkembangan Teknologi informasi dibidang perpustakaan harus dibaringi dengan kemamapuan layanan baik dari segi Sumber daya Manusia maupun infra strukturnya.

Pada Tahun 2016 UPT. Perpustakaan UNMUL terus berbenah diri terutama pada Sistem Perpustakaan digital dan Pelayanan Otomasi dengan menyediakan daftar mandiri, E-book, E-Jurnal serta E-skripsi, Thesis dan Desertations.